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Doxygenでドキュメントを生成することがたまにあります。
PHPでプログラムを書く場合は、文字コードがUTF8のファイルを作っているので問題になりません。
しかし、CやC++のコードの場合、euc-jpで書くことが多いため、doxygenで生成したドキュメントが文字化けしてしまいました。

そういう場合には、文字コードを変換して対応することができます。
ソースコードを変換してしまうわけには、いかないので、ドキュメントを生成するたびに、都度、変換します。
doxygenの引数で渡す設定ファイルに入力されたファイルを変換するためのフィルターコマンドを設定します。

INPUT_FILTER に、nkfコマンドのような、文字コードが変換出来るコマンドを指定します。

dox.confの例
INPUT_FILTER = "/usr/local/bin/nkf -w"

あとは、ドキュメントを生成し直すだけです。
doxygen dox.conf

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