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Cのプログラムは、コメントがeuc-jpの日本語で書いてあり、
Doxygenでマニュアルを生成するときに、nkfコマンドで、文字コードをUTF-8に変換していました。
INPUT_FILTER = "/usr/local/bin/nkf -w"

iconv を利用する場合。
INPUT_FILTER = "iconv -f euc-jp -t utf-8'

.c ファイルの入力は、正しく処理されていたのですが、
ヘッダファイルのコメントが文字化けして扱われ、困りました。
文字コードは、両方とも euc-jp なのですが。

nkf -w foo.h を試してみると、文字化けしてしまうことが分かり、入力の文字コード判定がうまくいっていないようでした。
nkf には、入力の文字コードを指定するオプションがあるので、euc-jpであることを指示する -E オプションを使いました。 
nkf -E -w foo.h でうまく行きました。

というわけで、Doxygenの設定も以下のように修正しました。
INPUT_FILTER = "/usr/local/bin/nkf -E -w"

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